Η κατασκευή του σύγχρονου οινοποιείου ξεκίνησε το 2004 στον Άγιο Αθανάσιο Δράμας ακριβώς δίπλα στο μεγαλύτερο κομμάτι των ιδιόκτητων αμπελώνων και ολοκληρώθηκε το 2005.
Το οινοποιείο περιλαμβάνει την αίθουσα παραλαβής και επεξεργασίας του τρυγητού, τις δεξαμενές ζυμώσεων, τον χώρο παλαίωσης με τα δρύινα γαλλικά βαρέλια, τον χώρο εμφιάλωσης με σύγχρονη εμφιαλωτική γραμμή και τον ειδικό χώρο για αποθήκευση και παλαίωση των εμφιαλωμένων οίνων.
Η συγκεκριμένη τοποθεσία επελέγη με στόχο την όσο το δυνατόν ταχύτερη μεταφορά των σταφυλιών στη γραμμή επεξεργασίας, πράγμα που οι άνθρωποι του Κτήματος Μιχαηλίδη πέτυχαν από την πρώτη κιόλας στιγμή.
Την ίδια χρονιά ο οινοποιός και ιδιοκτήτης του Κτήματος, εμφιαλώνει τα πρώτα κρασιά του. Πρόκειται για το Ανθάλεια με ποικιλιακή σύνθεση από Chardonnay – Sauvignon Blanc και το Μελάχρω με σύνθεση από Cabernet Sauvignon, Merlot και Syrah.
Η πρώτη ποικιλιακή εξέλιξη των κρασιών του Κτήματος Μιχαηλίδη έρχεται τρία χρόνια αργότερα (2008), όταν μετά από πειραματικές οινοποιήσεις στην ποικιλιακή σύνθεση του οίνου Μελαχρώ προστίθεται το Cabernet Franc και το κρασί μετονομάζεται και σε Πύλη Ερυθρό, ενώ πλέον αποτελεί μια νέα οινική εμπειρία.
Το 2011 είναι η σειρά του οίνου Ανθαλεία να αλλάξει καθώς προστίθεται στη σύνθεσή του το Ασύρτικο και μετονομάζεται σε Πύλη Λευκός.
Ενδιάμεσα και πιο συγκεκριμένα το 2007 η παρατήρηση και ο πειραματισμός φέρνουν στο εμφιαλωτήριο του Κτήματος Μιχαηλίδη τους μονοποικιλιακούς οίνους Chardonnay και Cabernet Sauvignon αποκλειστικά από σταφύλια του ιδιόκτητου αμπελώνα που βρίσκεται στη θέση Λαγότοπος.